Las investigaciones se iniciaron con mucho tropiezo, mentiras, falsedades, ocultamiento oficial de información y hasta relatos propios de novelas de ficción. Debieron pasar 21 meses para que las autoridades ordenen el arresto de 3 militares, de un sacerdote y de la cocinera de monseñor Gerardi.
Entre el 21 y 22 de enero del 2000, fueron capturados el coronel retirado Disrael Lima Estrada, ex jefe de Inteligencia Militar; su hijo, el capitan del ejercito Byron Lima Oliva y el ex especialista militar Obdulio Villanueva, acusados del delito de ejecución extrajudicial.
La Iglesia Católica de Guatemala ha denunciado en innumerables ocasiones la política de encubrimiento y distracción por parte de los militares, quienes intentan dejar en el olvido el crimen. Gerardi Habia denunciado dos días antes de su muerte que el ejército es el responsable de al menos 180 mil de las 200 mil muertes durante los 36 años de guerra interna. (Gt/LY/Ig-Mt/Vi-Pl-Dh/mc)
