En un mundo paralelo, donde las almas humanas toman la forma de compañeros del género animal, una niña se coloca entre el fin de la libre voluntad y el inicio de una nueva era. Lyra Belacqua (Dakota Blue Richards) sólo tiene 12 años, pero incluso ella sabe que hacer lo que te dicen en lugar de hacer lo que sientes que está bien puede tener resultados muy diferentes. Huérfana rebelde que vive como una reclusa en Jordan College en la ciudad de Oxford, Lyra pertenece a un mundo que es uno de muchos mundos paralelos: mundos no vistos, dimensiones intangibles donde la humanidad se desarrolla con sutiles diferencias. Pero Lyra nunca está sola en el suyo.
Ella va a todas partes con su daimonion, un pequeño animal, siempre cambiante, llamado Pantalaimon. En otros mundos, el alma reside dentro del cuerpo de las personas, oculta y en silencio. En el suyo, el daimonion es un compañero de por vida. Pero el mundo de Lyra está cambiando. El supremo cuerpo de gobierno llamado el Magisterium está apretando sus garras contra la población. Su oscura maniobra ha dado lugar a una erupción de secuestros de niños por una fuerza misteriosa llamada los Gobblers. Los rumores que corren entre los navegantes Gipcios (Giptanos), que han perdido a muchos de los suyos a manos de los secuestradores, es que se están llevando los niños a una estación experimental en el norte para someterlos a experimentos innombrables.
Cuando el mejor amigo de Lyra, Roger (Ben Walker), desaparece, ella jura viajar hasta el fin del mundo para rescatarlo. Lord Asriel (Daniel Craig), el gallardo y áspero tío explorador de Lyra está al mismo tiempo organizando un viaje a esa región para intentar controlar el poder de un misterioso fenómeno llamado Dust que él piensa reside donde las luces del norte se cruzan sobre el helado Círculo Polar ártico.
Desesperada por acompañar a su tío, pero siendo rechazada su petición, Lyra recibe una segunda oportunidad cuando la universidad recibe la visita de la Sra. Coulter (Nicole Kidman), una seductora científica y conocedora del mundo. La Sra. Coulter saca a Lyra de su vida en Jordan, prometiéndole grandes aventuras en Londres y más allá. Antes de irse, Lyra recibe un desconcertante dispositivo antiguo llamado el aletiómetro, que se dice le proporciona al portador toda la verdad, siempre que logre descubrir cómo hacer uso de él.
En el mundo de Lyra, existe el mito de un niño cuyo destino es justamente acabar con el destino. Es un niño que puede escribir su propia historia y que jugará un papel crucial en la guerra venidera. En su búsqueda para salvar a Roger, ¿podrá Lyra ser ese niño? Congregando a una alianza inverosímil con una tribu de marineros Gipcios (Gitanos), una bruja misteriosa, un gran oso acorazado y un aviador de Tejas, Lyra emprende una aventura que la llevará a través del cielo y del océano, a las zonas salvajes del helado norte y a los misterios en el centro mismo del alma humana. Se avecina una gran guerra. Una guerra que amenaza no sólo su mundo, sino a todos los mundos paralelos más allá de las luces del norte y Lyra necesitará toda su habilidad y todo su valor para pararla.
El lenguaje de La Brújula Dorada
Aletiómetro
Un aparato que proporciona respuestas veraces o sobre el futuro a las preguntas que el usuario se haya planteado en su mente.
Energía Ambárica
Cierta forma de energía eléctrica que se utiliza en el mundo de Lyra.
Bolvangar
La Estación Experimental del Norte donde los Gobblers (Zampones) mantienen secretamente a los niños que raptan.
Daimonion
Compañero parecido al alma de cada ser humano. Durante la infancia los Daimonions pueden cambiar de forma para reflejar el estado de ánimo cambiante de los niños. Sin embargo, al entrar en la edad adulta asumen una forma animal permanente que mejor refleja la naturaleza del ser humano del que forman parte.
Polvo
Partículas místicas que existen en gran concentración en el Círculo Polar ártico.
Gobblers (Zampones)
Los secuaces del Tribunal Consistorial de Disciplina del Magisterium quienes son responsables de la desaparición de los niños a lo largo del país.
Gipcios (Gitanos)
Tal como los gitanos, los Gipcios (Gitanos) son un grupo nómada de marineros que viven en barcos en el canal.
Intercisión
El proceso de separar a un ser humano de su daimonion.
Jordan College
Próspera Universidad en el Oxford de Lyra que es un centro de investigación de Teología experimental
El Magisterium
El Consejo que representa el corazón del gobierno en el mundo de Lyra. Estrechando cada vez más sus tentáculos en la población, el Magisterium busca eliminar la libre voluntad y llama Herejía a la investigación de Lord Asriel sobre el Polvo.
Luces del Norte (Aurora Borealis)
Tormentas de partículas cargadas e intensos rayos solares que causan radiaciones lumínicas en el Círculo ártico. Lord Asriel cree que las Luces del Norte esconden una ciudad maravillosa en el cielo.
Norte
Un lugar de gran belleza, diversidad y peligro. Es el hogar de los osos acorazados, de los tártaros, brujas e innumerables criaturas. Lord Asriel ha fotografiado el Polvo y lo que parece ser una ciudad de otro mundo suspendida en el cielo.
Panserbjørne
Osos acorazados que viven en la región del norte de Svalbard. Aún cuando no poseen daimonions, los Panserbjørne construyen corazas especiales que se asemejan a sus propias almas.
Samoyedos
Cazadores del Norte que secuestran a Lyra y la llevan a Bolvangar.
Moscas Espía
Pequeños insectos mecánicos que se dice son parte máquina y parte almas atrapadas.
Svalbard
Una helada y dura región habitada por los osos acorazados.
Tártaros
Un pueblo guerrero que vive en el norte.
Brujas
Seres de género femenino que viajan por el aire y viven cientos de años más que los seres humanos.