L’Alternativa 2006 tendrá lugar en 7 espacios diferentes: Centro de Cultura Contemporánea de Barcelona (CCCB), Cines Casablanca-Kaplan, FNAC-Triangle, Institut Francès, sede de la Sociedad General de Autores y Editores (SGAE), Casa Amèrica a Catalunya y Teatro Romea.
Concederá premios en metálico para el mejor film de cada una de sus Secciones Oficiales: Largometraje, Documental, Cortometraje y Animación.
Entre todas las Secciones Oficiales competirán unas 65 películas procedentes de todo el mundo, que se seleccionan a partir de unos 1.800 filmes recibidos por el Festival, valorando su riqueza cultural y estética, su originalidad y compromiso ético.
Por otro lado, en las Secciones Paralelas podemos descubrir cineastas desconocidos en nuestro país y gozar de los filmes de cineastas clásicos que hoy siguen siendo innovadores. Las Secciones Paralelas de l’Alternativa 2006 son: Homenaje a Marguerite Duras; La mirada fascinada de Theo Angelopoulos; El Festival Oberhausen viaja a Barcelona; Sinergias de la Historia: Una mirada irreductible, el cine de Eyal Sivan; Miradas del Sur: Humberto Solás, una escritura propia; El Perro Andaluz, la música oculta; Escuelas de Cine del Mundo (incluyendo un monográfico escuela de San Antonio de los Baños de Cuba).
Ofrece también las sesiones nocturnas de la Sección Pantalla Hall, un espacio de programación interdisciplinaria de entrada libre, para filmes, presentaciones y actuaciones en directo.