La Ong, afirma que la CIA, de manera indebida, ha retenido tales documentos, y comentó que estos podrían servir para comprobar la existencia de vínculos entre esa organización y los conocidos líderes paramilitares, Fidel y Carlos Castaño (de las Autodefensas Unidas de Colombia) quienes habrían trabajado con Los Pepes. En el año 1998, AI solicitó la documentación a la CIA, empero el organismo de seguridad, hasta la fecha, no ha respondido a la petición.
El mencionado escuadrón realizó una serie de atentados contra la familia del líder del cartel de la droga de Medellín, Pablo Escobar.
Andrew Miller director interino de Defensa para América Latina, indicó que AI, sección Estados Unidos, «ha realizado una investigación desde mediados de la década del 90, que señala una extremadamente sospechosa relación entre el Gobierno de Estados Unidos y la familia Castaño -en momentos en que el Gobierno estadounidense tenía pleno conocimiento de la participación de la familia en la violencia paramilitar y el tráfico de drogas».
Asimismo a_adi¢: «Hemos recibido documentaci¢n del Gobierno estadounidense sobre docenas de matanzas y atentados con bombas perpetrados por los escuadrones de la muerte Los Pepes, sin embargo, la CIA ha continuado reteniendo ilegalmente, cualquier tipo de informaci¢n que tenga sobre el grupo».