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Se acusa a quien fuera además Embajador en, Checoslovaquia, Ecuador, Francia, Polonia y Suecia, entre otros, por «crímenes contra la humanidad», puesto que durante el ejercicio de la función judicial en los Tribunales Revolucionarios (1959-1963) habría enviado al paredón a unos 400 opositores al régimen.
Jorge Masetti, Director de la Fundación para Derechos Humanos en Cuba, aseveró que en Chile «existen todas las garantías de juzgar a Flores Ibarra por el delito de crimen de lesa humanidad».
