El Programa de Recuperación y Desarrollo Urbano de Valparaíso (PRDUV) se hizo cargo del proyecto de arquitectura, de ingeniería y de la museología. Se está a la espera de la creación de una corporación municipal, presidida por el alcalde, que quedará a cargo del museo. La recuperación total del Palacio Baburizza, de 2.100 metros cuadrados, culminará el 2011, y el proyecto requerirá una inversión de $1.500 millones.
Durante los últimos doce años abortaron distintos proyectos que buscaban restaurar el palacio. El que estuvo más próximo a lograr su objetivo fue la iniciativa desarrollada en conjunto por la fundación Luksic, que aportaba $600 millones, y el Centro de Conservación, Restauración y Estudios Artísticos (CREA), representante en Chile de la Compagnia Italiana di Conservazione.
De haber prosperado, las obras se hubiesen realizado entre diciembre de 2006 y febrero de 2008. Sin embargo, surgieron discrepancias respecto de su administración, ya que las entidades privadas deseaban tener el control de la futura corporación administradora, mientras que el municipio quería tener la mayoría de los directores.
El arquitecto Francisco Saavedra, encargado del proyecto, indicó que en la apertura preliminar se contará con tres salas: Una exhibirá parte de la pinacoteca europea de Baburizza (8 cuadros); otra, obras dedicadas a la temática de Valparaíso (9 pinturas), y la tercera será un taller de restauración. La colección del Museo Municipal de Bellas Artes -un cuarto de la cual fue donada por el croata Pascual Baburizza, un exitoso empresario del salitre- está compuesta por pinturas chilena y europea de los siglos XIX y XX.
Tras la clausura del museo, hace más de una década, durante los primeros años las pinturas permanecieron embaladas en bodegas municipales, lejos de la vista del público, privando a varias generaciones del goce de las obras. Gracias a aportes privados, estimados en 500 millones de pesos, entre 2002 y 2007 fueron restauradas 243 pinturas, trabajo que estuvo a cargo del Centro de Conservación, Restauración y Estudios Artísticos, vinculado a la familia Carroza.
